La gouvernance du Centre Hospitalier se définit à travers plusieurs instances.

Les missions du conseil de surveillance sont recentrées sur les orientations stratégiques et le contrôle permanent de la gestion de l’établissement. Le conseil de surveillance comprend trois collèges où siègent des représentants des collectivités territoriales, des représentants personnels de l’établissement et des personnalités qualifiées, dont des représentants d’usagers. Son président, Christian DELBREL, a été élu parmi les représentants des collectivités territoriales et les personnalités qualifiées.

Le directoire appuie et conseille le directeur dans la gestion et la conduite de l’établissement, en veillant notamment à la cohérence des projets des pôles avec le projet médical et l’ensemble du projet d’établissement. Il est obligatoirement concerté par le directeur sur l’ensemble des compétences qui lui sont octroyées par l’article L. 6143-7 du CSP. A majorité médicale, pharmaceutique, maïeutique et odontologique, le directoire garantit ainsi la prise en compte des préoccupations des professionnels de santé dans toutes les décisions de la vie institutionnelle de l’établissement et constitue une instance de dialogue qui éclaire les décisions du président M CAMPMAS, en assure le relais et en facilite la déclinaison au niveau des pôles.

La commission médicale d'établissement présidée par le Docteur Olivier JACQUIEZ donne son avis sur les orientations stratégiques de l'établissement, son organisation interne, la politique de coopération territoriale, la politique de recherche et d'innovation, l'accueil et l'intégration des professionnels et des étudiants ainsi que sur la gestion prévisionnelle des emplois. Son avis est renforcé sur les questions financières. La composition de la commission est élargie aux étudiants hospitaliers.

Le comité d’hygiène de sécurité et des conditions de travail et la commission technique d’établissement sont des instances représentatives du personnel doté de compétences consultatives sur les sujets ayant une incidence sur le fonctionnement et sur l’organisation de l’établissement et contribue à la protection des agents.
La commission des usagers veille au respect des droits des usagers et facilite leurs démarches afin qu’ils puissent exprimer leurs difficultés. Elle examine au moins une fois par trimestre et chaque fois que nécessaire les réclamations. Elle est consultée et formule des avis et propositions sur la politique d’accueil et de prise en charge des personnes malades et de leurs proches. Elle rend compte de ses analyses et propositions dans un rapport présenté au conseil de surveillance de l’hôpital qui délibère sur les mesures à adopter afin d’améliorer la qualité de l’accueil et de la prise en charge.

La commission des soins infirmiers, de rééducation et médico-techniques prévue par l'article L. 6146-9 du code de la santé publique est consultée pour avis notamment sur : le projet de soins infirmiers, de rééducation et médico-techniques élaboré par le coordonnateur général des soins, l'organisation générale des soins ainsi que l'accompagnement des malades, la politique d'amélioration continue de la qualité, de la sécurité des soins et de la gestion des risques liés aux soins, les conditions générales d'accueil et de prise en charge des usagers et la politique de développement professionnel continu.